I världens mest avlägsna trakter finns fortfarande magi, förkroppsligad av andar från jorden, himlen och varje naturligt ting. När Europas stormakter sträcker sina koloniala imperier allt längre kommer de oundvikligen att göra anspråk på en plats där andarna fortfarande har makt – och när det sker kommer själva landet att slå tillbaka, tillsammans med de öbor som lever där.
Spirit Island är ett komplext och tematiskt samarbetsspel där du försvarar din ö från koloniserande inkräktare. Spelarna är olika andar av ön, var och en med sina unika elementkrafter. Varje runda väljer spelarna samtidigt vilka kraftkort de ska spela och betalar energi för att göra det. Genom att kombinera kort som matchar andens elementära tillhörighet kan man få gratis bonuseffekter. Snabbare krafter sker direkt, innan inkräktarna hinner sprida sig och förstöra, men andra magier är långsammare och kräver planering och framförhållning. I andefasen får andarna energi och väljer om och hur de ska växa: återta använda kort, söka nya krafter eller sprida sin närvaro till fler delar av ön.
Inkräktarna expanderar över öns karta på ett halvförutsägbart sätt. Varje runda utforskar de vissa områden; nästa runda bygger de där, och bildar byar och städer. Rundan efter det härjar de i dessa områden, skadar marken och attackerar de inhemska öborna. Öborna slår tillbaka när de attackeras och kan även bistå andarna på andra sätt – men inte alltid på det sätt man hoppats. Vissa krafter fungerar genom öborna, som att driva ut inkräktare eller rena marken från skada.
Spelet eskalerar allt eftersom: andarna sprider sin närvaro till fler delar av ön och söker nya, kraftfullare förmågor, samtidigt som inkräktarna trappar upp sina kolonisationsförsök. Varje runda motsvarar 1–3 år i en alternativ historia. I början krävs det att alla upptäckare, byar och städer förstörs för att vinna – men ju mer skräck du sprider bland inkräktarna, desto lättare blir segern: de flyr även om det fortfarande finns upptäckare eller städer kvar. Förlust inträffar om någon ande förstörs, om ön blir översvämmad av förstörelse eller om inkräktarnas kortlek tar slut innan segern nås.
Spelet innehåller olika motståndare att kämpa mot (t.ex. en svensk gruvkoloni eller en avlägsen brittisk koloni). Var och en förändrar spelets gång på olika sätt och erbjuder nya svårighetsgrader för att hålla utmaningen levande när spelarna blir skickligare.
